只有分子式、还不知道结构时,可以先在SciFinder中建立候选清单。同一分子式可能对应多种连接方式和立体构型,结果多并不一定是检索出错。本文围绕“SciFinder如何根据分子式检索候选化合物,SciFinder分子式检索结果过多如何缩小范围”,介绍从输入到筛选的操作方法,采用CAS SciFinder英文界面。
一、SciFinder如何根据分子式检索候选化合物
先确认手里的式子描述什么,再输入检索。分子式、结构简式以及质谱中带电离子的组成,不能不加区分地使用。
1、整理分子式和样品信息
把已经确定的信息与推测分开,后续筛选只加入有依据的条件。
①将结构简式整理为各元素的原子总数,例如CH3COOH写为C2H4O2。
②核对元素符号和大小写,检查是否漏写氢、卤素或其他元素。
③记录样品是否为盐、水合物或同位素标记物;分子式来自质谱推断时,先核对离子形式,再确定用于检索的组成。
2、从物质检索入口提交查询
目前的主搜索框支持分子式输入。若要明确指定字段,使用高级检索更容易检查查询内容。
①在首页选择【Substances】,输入完整分子式,例如C8H10O,点击搜索按钮。
②查看结果页的查询说明,确认此次检索针对物质,而非只查包含该字符串的文献。
③不在主搜索框中直接套用通配符写法;需要组合条件时转入【Advanced Search】。
3、用高级检索限定分子式字段
高级检索可以将分子式与其他条件组合。只查分子式时,应清除与本次任务无关的输入。
①打开【Advanced Search】,将检索字段设为【Molecular Formula】,填写分子式。
②需要同时满足其他已知条件时,点击【Add Advanced Search Field】,选择【AND】,再添加对应字段。
③检索盐或其他多组分物质时,按CAS的组分表示方式使用点号分隔,不能只把所有原子机械相加。
④检查各字段及逻辑关系,点击搜索按钮;两个必须同时满足的条件,不要用【OR】连接。
4、先核对几条原始结果
不要刚看到大量结果就连续添加限制。先确认这些记录与样品的组成形式是否一致。
①点击候选物的CAS Registry Number,打开物质详情。
②对照分子式、结构、电荷及组分,区分游离化合物、盐和其他形式。
③返回结果列表,记录初始数量和检索条件,保留后续撤回筛选的起点。
二、SciFinder分子式检索结果过多如何缩小范围
优先使用结构片段、官能团等已经确认的证据。分子量通常不能区分具有相同组成的异构体,重复收紧分子量范围未必有帮助。
1、按官能团和芳香环数量筛选
例如实验已支持存在羧酸基,就可以先筛羧酸;仅知道含氧,不能直接假定它属于醇或醚。
①在结果页展开【Functional Group】,选择有证据支持的官能团。
②已确定芳香环数量时,展开【Aromatic Rings】,选择对应范围或数量。
③每加一项条件就查看候选结构。结果突然清空时,先取消最后一项,检查判断依据和筛选方向。
④使用【Filter by】保留匹配项;只有明确需要排除某类物质时,才切换【Exclude】。
2、用已知结构片段在结果内检索
已确认苯环、侧链或特定骨架时,可以把片段画出来。未知部分留作未知,不必先拼出一个猜测的完整结构。
①展开【Search Within Results】,点击【Draw】,打开结构编辑器。
②画出已经确认的片段,核对原子、键级和连接位置,点击【OK】。
③选择【Substructure】,点击【Search】,在原分子式结果中保留包含该片段的候选。
④需要修改时点击【Edit】;移除条件可使用【Remove】或相应删除按钮。该结果内结构筛选忽略立体化学,不能据此确定构型。
3、按组分、同位素和性质补充限制
这些条件要与样品形式对应。筛选“有实验数据”的记录,也会排除尚未收录该数据的候选。
①确认寻找单组分物质时,在【Number of Components】中选择单组分;盐或溶剂化物不直接套用这一限制。
②确认不含标记同位素时,在【Isotopes】中选择【Not Containing Isotopes】。
③已有可靠熔点或沸点范围时,回到高级检索,将【Molecular Formula】与【Melting Point(°C)】或【Boiling Point(°C)】用【AND】组合。
④需要优先查看有谱图的记录时,使用【Experimental Spectrum】;涉及性质比较时核对实验条件,不把缺少记录当作性质不符。
三、SciFinder候选范围缩小后如何核对和保存
剩下几条记录时,重点转为比较结构差别。检索结果可以提供候选,最终确认仍需要与实验信息对应。
1、逐个检查异构体差别
位置异构、立体构型和互变异构形式可能造成记录差异,仅凭名称相似不容易看清。
①打开各候选详情,比较取代位置、官能团连接和立体标记,记录支持或排除的依据。
②查看已有实验谱图、物性及关联文献;比较熔点时注意样品形态,比较沸点时核对压力。
③不按文献数量或供应商数量直接认定身份,保留证据不足、仍需验证的候选。
2、保存候选及筛选过程
保存时标明用途,方便后续复查。
①在候选详情点击【Save】→【Save Result】,填写名称,添加或选择标签,再点击【Save】。
②在【Your Saved Items】中确认记录已经保存,同时另记原分子式、筛选条件和检索日期。
③需要归入课题时,使用【Save】→【Add to Project】,选择已有项目或创建新项目。
总结
希望“SciFinder如何根据分子式检索候选化合物,SciFinder分子式检索结果过多如何缩小范围”这篇文章能帮到大家。研究中遇到暂时无法确定的结果很常见,查阅资料的价值,也在于帮助我们看清还有哪些可能性值得验证。有时多看一份原始记录,就能发现此前忽略的差别;与同事交流时,清楚的资料也会让讨论更有依据。希望大家在日常学习和研究中有所收获,逐渐积累自己的检索经验,把更多时间用于有意义的探索。如果有SciFinder相关需求,欢迎联系我们交流。